Atendendo pedido do Ministério Público Federal no Tocantins (MPF/TO), a Justiça Federal determinou aos criadores de gado que ocupam áreas na Ilha do Bananal, que retirem seus rebanhos e pertences e desocupem o Parque Indígena do Araguaia. O despacho foi publicado no Diário de Justiça no dia 27 de março de 2008, data a partir da qual tem início o prazo de 30 dias para a retirada. A partir do dia 28 de abril de 2008, quem não desocupar o local está sujeito a multa diária de quinhentos reais por dia de atraso.
A decisão da Justiça Federal é resultado de ação civil pública impetrada pelo Ministério Público Federal no Tocantins em 1999, contra 210 criadores de gado que ocupavam a ilha. Na ocasião, foi considerado que esta situação é danosa para o ecossistema, que sofre com a presença do gado e de centenas de pessoas que se dedicam a atividades predatórias, e também para os indígenas, que são privados de usufruir com exclusividade a terra por eles ocupadas.
O Ministério Público Federal no Tocantins (MPF/TO) requereu, à administração regional na Funai, em Gurupi, que fiscalize toda a área do parque e identifique eventuais ocupantes que ainda permanecerem no local, indicando a quantidade de rebanho de cada um.